Sul fronte della ricerca la Bocconi ha, da diversi anni, messo a punto delle procedure finalizzate a controllare la qualità e la rilevanza (scientifica e/o sociale) delle attività scientifiche sviluppate presso le diverse strutture ad esse dedicate (Istituti e Centri di Ricerca universitari).
Il meccanismo di valutazione applicato in questo ambito è quello del peer review, consistente nel sottoporre i risultati dell'attività di ricerca complessivamente realizzata da una struttura in un dato arco di tempo, opportunamente commentati ed inquadrati nell'ambito degli obiettivi e delle linee strategiche definite dalla medesima struttura di ricerca, ad un gruppo di esperti delle discipline oggetto di valutazione, esterni all'Ateneo e dal riconosciuto prestigio nazionale o internazionale.
I giudizi formulati dagli esperti, che devono riguardare quattro aspetti principali dell'attività di ricerca (qualità, produttività, rilevanza scientifica e grado di disseminazione dei risultati), sono utilizzati come spunto per individuare opportunità di miglioramento delle performance scientifiche, anche attraverso una riformulazione delle strategie e delle linee d'azione prestabilite.
Attualmente è in corso di svolgimento il secondo ciclo di interventi riguardanti gli Istituti universitari, che si caratterizza per un maggiore affinamento e formalizzazione dei due momenti della autovalutazione e della valutazione esterna.